به منظور ايجاد هماهنگي در بين سازمان‌هاي مناطق آزاد تجاري، صنعتي جمهوري اسلامي ايران، شورايي به رياست رييس جمهور و مركب از افراد زير تشكيل مي‌شود:
وزراي امور اقتصادي و دارايي، بازرگاني، كشور، كار و امور اجتماعي، صنايع، معادن و فلزات، راه و ترابري، نفت، نيرو، مسكن و شهرسازي و رييس سازمان برنامه و بودجه، رييس كل بانك مركزي جمهوري اسلامي ايران و دبير شوراي عالي مناطق آزاد تجاري، صنعتي.
وظايف و اختيارات هيات وزيران مذكور در قانون چگونگي اداره مناطق آزاد تجاري، صنعتي جمهوري اسلامي ايران (به استثناي تبصره (2) ماده (1) قانون مزبور)- مصوب 1372 – به كميسيوني مركب از وزراي موضوع بند (1) اين تصويب‌نامه محول مي‌شود. 1
ملاك تصميم‌گيري كميسيون موافقت اكثريت اعضاي حاضر و حداقل چهار نفر مي‌باشد. مصوبات كميسيون در صورت تاييد رييس جمهور با رعايت ماده (19) آيين‌نامه داخلي هيات دولت قابل صدور خواهند بود.
شورا و كميسيون موضوع بندهاي (1) و (2) داراي دبيرخانه‌اي مي‌باشند كه زير نظر دبير شورا و كميسيون مزبور كه با حكم رييس جمهور منصوب مي‌گردد، اداره مي‌شود.
1 تفويض اختيار به موجب مفاد اصل 138 قانون اساسي جمهوري اسلامي ايران